Madrasah Tsanawiyah Sunan Drajat Banjarwati didirikan di dusun Banjaranyar, Desa Banjarwati, Kecamatan Paciran , Kabupaten Lamongan, Propinsi Jawa Timur pada tahun 1986, oleh Prof. Dr. KH. ABDUL GHOFUR. Seorang pemimpin dan pengasuh Pondok pesantren terbesar di Kabupaten Lamongan, yaitu Pondok Pesantren Sunan Drajat Dusun Banjaranyar, Desa Banjarwati, Kecamatan Paciran , Kabupaten Lamongan, Propinsi Jawa Timur.
Pada tahun 1984/1985 di Pondok pesantren Sunan Drajat didirikan sebuah lembaga pendidikan menengah tingkat pertama ( SMP ) 45 di samping didalamnya sudah ada Madrasah Diniyah ( Madrasah Khusus Pelajaran Agama – ala Pesantren ) yang sudah berjalan bertahun – tahun sejak pesantren itu berdiri, namun keberadaan SMP hanya mampu bertahan selama satu tahun. Karena kurang mendapat dukungan dari masyarakat sekitar. Memang masyarakat dan wali santri pada waktu itu lebih bangga dan lebih menerima Madrasah yang bercirikan islam dari pada sekolah Umum ( SMP ) .
Kiranya hal ini cukup menjadi renungan dan pola pikir baru dalam melangkah selanjutnya, padahal banyak masyarakat dan wali – wali santri Pondok Pesantren Sunan Drajat yang menginginkan agar anaknya bisa melanjutkan sekolah ke jenjang tsanawiyah dengan tanpa keluar dari lingkungan pesantren. karena hal ini adalah harapan mereka, maka dengan pertimbangan hal tersebut akhirnya Prof. Dr. KH. ABDUL GHOFUR bersama – sama dengan masyarakat sepakat mendirikan Lembaga pendidikan baru yang bercirikan Islam yang di beri nama Madrasah Tsanawiyah Sunan Drajat yang lokasinya berada di tengah-tengah Pondok Pesantren Sunan Drajat yang bernaung di bawah Yayasan Pondok Peasantren Sunan Drajat, dengan akte Notaris Nurul Yaqin SH. Nomor : 10 tanggal 19 Oktober 1993.
Dan Alhamdulillah perkembangan Madrasah ini sejak berdiri hingga sekarang tidak pernah mengecewakan bahkan cukup menggembirakan dan membanggakan, baik kuantitas dan kualitas peserta didik. Dan sekarang meskipun di tengah-tengah pondok pesantren telah berdiri Sekolah Lanjutan Tingkat Pertama Negeri ( SLTPN 2 Paciran ) lima tahun yang lalu, keberadaanya merupakan tantangan tersendiri Bagi Madrasah Tsanawiyah Sunan Drajat, namun Madrasah Tsanawiyah Sunan Drajat tetap eksis serta mampu bertahan dan kapasitas siswa pun tetap stabil dan standart tidak banyak mengalami perubahan yang berarti.